Le terroir du Clos du Château d’Isenbourg est proche de celui du Grand Cru Vorbourg. Composé principalement de loess (limons d’origine quaternaire) riche en argiles, on y trouve des affleurements de conglomérat gréseux et de marnes calcaires d’origine tertiaire.
 
L’une des caractéristiques de ce terroir tient en la présence de cailloutis (éboulis) arrachés à la montagne sur l’ensemble du Domaine. Ces cailloux jouent un rôle important dans la régulation thermique du vignoble.
 
Le sol des terrasses où sont cultivés les raisins Gewurztraminer est plus calcaire que le reste du domaine. Il en résulte des raisins Gewurztraminer très aromatiques.